卵巢囊肿的原因
淋巴及静脉播散学说：
在盆腔静脉或淋巴结中发现子宫内膜组织存在支持该论点。并认为远离盆腔部位的器官如肺、手、大腿的皮肤和肌肉发生的子宫内膜异位可能是淋巴或静脉播散的结果。
体腔上皮化生学说：
女性生殖系统上皮、卵巢生殖上皮及盆腔腹膜胸膜均起源于体腔上皮，当受到炎症、创伤、雌激素过高等因素的影响时，或体腔上皮，反复受经血、激素或慢性炎症的刺激可以化生为子宫内膜样组织，形成子宫内膜异位症。80%的子宫内膜异位症发生在卵巢，与卵巢生发上皮的化生潜能有关。但目前很多学者认为腹膜刺激合并子宫内膜异位症是果而不是因，而且腹膜刺激都发生在异位灶以外的部位
免疫学说：
有人认为在妇女免疫功能正常的情况下，月经期经输卵管流入腹腔的内膜细胞为主的局部免疫系统所杀灭，若局部免疫功能不足或逆流腹腔内的内膜细胞数量过多时，免疫细胞不足以将杀灭，即发生子宫内膜异位症。也有报道子宫内膜异位症患者有红斑狼疮或其它自身免疫疾病史者为无该病患者的两倍。从实验结果表明，在子宫内膜异位症患者血清中lgG及抗子宫内膜自身抗体较对照组明显增加，其子宫内膜中的lgG及补体C3沉积率亦高于正常妇女，故认为子宫内膜异位症可能是一种自身免疫性疾病。目前认为子宫内膜异位症患者既可有体液免疫，即B细胞应答反应增强，亦可有细胞免疫，即T细胞免疫功能不足。上述免疫功能的异常是内膜异位的原因，还是内膜异位的结果仍有待确定。
基因学说：
某些子宫内膜异位症患者，在其家属中同病的发生率较一般妇女为多，因而推测可能有遗传基因的存在
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