非淋菌性尿道炎的潜伏期较难确定，尤其是性伴侣较多或无症状病原体携带者。典型的症状是尿道刺痒、轻重不一的尿频、尿急、尿痛和排尿困难。尿道口有粘液性或脓性分泌物，症状较淋病为轻。少量的分泌物，易见于较长时间不排尿或夜间没有排尿至晨起排尿前，有的表现为痂膜封口或见内裤有淡黄色污秽。自觉症状不明显或排尿时间间隔较短者，尿道分泌物易被尿液冲失。检查见尿道口轻度水肿或潮红、轻度外翻，有粘液或脓性分泌物。沿阴茎根部至尿道口方向挤压尿道，可挤出粘液或脓性分泌物，偶有轻微触痛。患者自觉排尿频繁、尿痛剧烈或排尿终末烧灼性疼痛。
淋病后尿道炎常见，表现为淋病经系统规则治疗后，尿道炎症状和体征仍持续不退，或治愈后一段时间因酗酒、劳累、性生活过度等诱因出现上述症状和体征。
本病与淋病同属于医“淋浊”的范畴。NGV的临床症状以尿频、尿急、尿痛、尿道刺痒并有分泌物为主，如清代顾靖远着《顾松园》医镜所云：“淋者，欲尿而不能出，胀则痛甚，不欲尿而点滴淋沥。”由此可见，其临床表现与淋病大致相同，其尿道症状及全身症均略轻于淋病，与淋病同属“淋浊”的范畴。历代中医文献中许多病证查当于NGU。如《素问・宣明五气篇》中的“癃”，《金匮要略・消渴小便不利淋病》中的“淋”，《景岳》全书中的“淋浊”，《诸病候论・虚劳小便白浊候》中的“白浊”，《赤水玄珠》中的“淋浊”，《证治要诀》中的“精浊”等。
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